Sign In  Register

 

Hardy-Weinberg


Holder på å lese til genetikk eksamen og lurer på om noen kan hjelpe meg med følgende spørsmål?

I en fugleart er fasongen på nebbet kodet av ett locus med to kodominante alleler NA og NZ. NA gir langt nebb i dobbel dose, mens individer som er homozygote for NZ har korte nebb. I en populasjon ble det observert følgende genotypefrekvenser:
NANA = 0.5
NANZ = 0.3
NZNZ = 0.2

a) Antatt at det er totalt 600 individer i populasjonen, bruk en #967;2-test til å teste om genotypefrekvensene er i Hardy–Weinberg likevekt. Hvilke faktorer avgjør om genotypefrekvensene i en populasjon er i Hardy–Weinberg likevekt eller ikke?

b) Hvorfor kan man bestemme genotypefrekvense i fuglepopulasjonen uten å bruke molekylærgenetiske metoder
Replies

Dette er det eg har klart å komme fram til selv:

Nebbform avgjøres av to kodominante alleler NA og NZ. En populasjon har følgende genotypefrekvenser:
NANA = 0.5
NANZ = 0.3
NZNZ = 0.2
a) Siden Hardy-Weinberg kriterier gjelder kan vi bruke genotypefrekvensene til å regne ut fenotypefrekvenser. Frekvensen av NA = 0.5 + 0.15 = 0.65. Frekvensen av NZ = 0.2 + 0.15 = 0.35. Deretter kan vi bruke fenotypefrekvensene til å kalkulere genotypefrekvensene i F1 generasjonen.
NANA = 0.65*0.65 = 0.42
NANZ = 2*0.65*0.35 = 0.46
NZNZ = 0.35*0.35 = 0.12
Nå vet jeg ikke om du har hatt genetikk-eksamen allerede, men det er riktig utregning av forventet fordeling under Hardy-weinberg-likevekt, før du kan teste fordelingen, må du bruke populasjonsstørrelsen du har fått.

Observert
NANA = 600*0.5 = 300 individer
NANZ = 600*0.3 = 180 individer
NZNZ = 600*0.2 = 120 individer
Forventet
NANA = 600*0.42 = 252 individer
NANZ = 600*0.46 = 276 individer
NZNZ = 600*0.12 = 72 individer

Det neste du må gjøre er å utføre en Chi-square test for å sammenligne de observerte resultatene med de forventede resultatene.

Du må da sette opp en Chi-square tabell og beregne Chi-square-verdien

Code:

Genotype Obs Forv (Obs - Forv) (Obs-Forv)^2 (Obs-Forv)^2/Forv
NANA 300 252 48 2304 9.14
NANZ 180 276 -96 9216 33.39
NZNZ 120 72 48 2304 32
Chi-square-verdi: 74




Nullhypotesen vår er at det er Hardy-Weinberg-likevekt
Følgende gjelder for to alleler (degrees of freedom = 1):
Hvis Chi-square-verdi >= 3.841 så er Pr(Chi-square-distr) <= 0.05

Dersom Chi-square-verdien er større enn 3.841 så må vi forkaste hypotesen om Hardy-Weinberg-likevekt

I dette tilfellet er Chi-square= 74 > 3.841, så vi må forkaste nullhypotesen om Hardy-Weinberg-likevekt

Jeg ville brukt ordet allelfrekvenser om frekvensen av NA og NZ, ikke fenotypefrekvenser.

Når det gjelder faktorer som avgjør om genotypefrekvensene er i Hardy-Weinberg likevekt, så er det 5 faktorer:
- fravær av seleksjon
- helt tilfeldig paring
- uendelig stor populasjon
- ingen genflyt
- ingen mutasjoner

Hvis alle disse betingelsene er oppfylt så vil genotypene komme i H-W-likevekt i løpet av få generasjoner, selv om de ikke skulle være det i utgangspunktet. I virkeligheten så er ingen populasjoner i Hardy-Weinberg-likevekt, men man kan bruke avviket fra H-W-likevekt til å si noe om hvilke faktorer som sannsynligvis er brutt.

F.eks så ser vi at begge ekstremene er overrepresentert blant de observerte genotypefrekvensene, i forhold til de forventede. Det kan være en indikasjon at det kan foregå en disruptiv seleksjon (hvor nebb med midlere størrelse blir selektert mot, og begge ekstremene - kort og langt nebb - blir selektert for).

Det kan også bety at det forekommer ikke-tilfeldig paring, hvor lang-nebbete fugler foretrekker lang-nebbete fugler, mens kortnebbete foretrekker kortnebbete (og middels nebbete foretrekker middels nebbete). I en ekstrem utgave av dette, så vil NANZ genotypen hele tiden produsere flere NANA, og NZNZ, slik at andelen av disse øker, mens andelen av NANZ relativt raskt vil synke over tid.

Når det gjelder spørsmål B, så vil man jo i akkurat denne fuglepopulasjonen lett kunne avgjøre genotypene ved å se på nebbstørrelsen, siden det er snakk om kodominante alleler. Da vil heterozygote individer ha en nebbstørrelse som er en mellomting mellom de langnebbete og de kortnebbete, og man trenger kun å måle nebbstørrelsen på et stort nok antall individer, og beregne frekvensen av disse for estimere genotypefrekvensene.


Dersom det hadde vært snakk om dominant/recessiv nedarving måtte man ha brukt molekylærgenetiske metoder for å estimere genotypefrekvensen dersom populasjonen ikke er i Hardy-Weinberg-likevekt (hadde den vært det, kunne man estimert genotypenfrekvensen ved hjelp av H-W)









Morten "Buggie" Stærkeby
Tusen takk =) det hjalp veldig =D