I magesekken skilles det proteolytiske enzymet pepsin ut.

Bukspyttkjertelen skiller ut trypsin, chymotrypsin, elastase og carboxypeptidase til tolvfingertarmen.

I tynntarmen skilles aminopeptidaser ut.

Pepsin deler opp polypeptider i kortere lengder (foretrekker å dele ved C-enden av aminosyrene tyrosin, fenylalanin og tryptofan)

Trypsin deler opp polypeptider ved C-enden av aminosyrene arginin og lysin.

Chymotrypsin deler opp polypeptider ved tyrosin, phenylalanin og tryptofan (du legger sikkert merke til at dette er de samme aminosyrene som pepsin? Det er fordi pepsin ikke lenger er virksomt grunnet nøytraliseringen som skjer i tolvfingertarmen)

Elastase deler opp polypeptider ved siden av alanin og serin, og liknende aminosyrer, med små, uladete sidegrener.

Carboxypeptidase fjerner aminosyrer en etter en ved C-enden av polypeptider.

Aminopeptidase fjerner aminosyrer fra N-enden av polypeptidet.

Til sammen så vil disse protelytiske enzymene spalte opp lange proteiner ganske kjapt. Pepsin gjør grovkutting, deretter kommer finkutting ved hjelp av trypsin, chymotrypsin og elastase, mens carboxypeptidase og aminopeptidase vil sørge for at man for brutt ned polypeptidene til enslige aminosyrer.